Febo Abel, dios del Sol y hermano de Atenea, retorna a la Tierra y resucita a los santos de oro muertos en la batalla de las doce casas, a fin de llevarse a su hermana y extinguir a la humanidad, considerando que ha llegado a un estado decadente. No obstante, los santos de bronce, quienes aparentemente son abandonados por Saori, evitarán que Abel cumpla su propósito, por lo que deberán enfrentarse a los santos de oro y a los tres misteriosos santos de la Corona.

Mirai Ozora, vive en Tokio del año 2045. Obsesionada con sus hobbies, ir de compras y ser modelo, nunca se esperaría que su hermano mayor Hiroshi fuera un brillante inventor de ZIC, la mayor empresa tecnológica del mundo. Todo comienza cuando Hiroshi inventa la "unidad-Mol" un traje,el cual dota al usuario de habilidades que superan las leyes de la fisica. Volar, super velocidad y fuerza, invulnerabilidad y todo posible gracias al poder del traje, el único inconveniente es que sólo se activa por un límite de tiempo de 666 segundos.

Eris, la diosa de la discordia, ha vuelto a la Tierra bajo la forma de una manzana de oro, tomando posesión del cuerpo de Erii Aizawa, una joven maestra del orfanato de la Fundación Graude. Resucitando a los santos fantasmas y capturando a Saori Kido, la reencarnación de Atenea, Eris desafía a los santos de bronce a enfrentar a sus nuevos servidores en las inmediaciones de su templo. Sin tiempo que perder, Seiya y sus amigos acuden a la batalla, con el objetivo de salvar la vida de Atenea y desbaratar las ambiciones de Eris.